Pada 1927 Kardinal van Rossum menjanjikan kepada Fransiskan Belanda suatu wilayah di Hindia Timur, meskipun sebenarnya hanyalah sebuah surat yang isinya merupakan permintaan untuk membantu para imam Serikat Yesus di Jawa (Antoon Baan, O.F.M.,
2004:21). Selanjutnya pada 1 Juni 1928 Pater Kitselaar, Provinsial S.J. di Belanda, mengunjungi Provinsial O.F.M. di Weert dan menawarkan misi tersebut. Namun
demikian, tawaran tersebut didiamkan hingga pada 9 April 1929 dibahas dalam sidang dewan pimpinan. Kemudian dilanjutkan dengan pembicaraan lebih konkret tentang pengambilalihan dua paroki di Batavia.
Setelah adanya pembicaraan antara Provinsial SJ dan Provinsial OFM di Weert , Belanda makan pada 25 April 1929 disepakati suatu penyerahan karya pelayanan di dua paroki di Batavia kepada Ordo Fransiskan dan Vikariat Apostolik Batavia setiap saat dapat
mengambilnya kembali dan mempercayakannya kembali kepada tarekat lain, termasuk Tarekat Jesuit.
Pada 21 Desember 1929 lima orang Fransiskan dari Belanda tiba di Sunda Kelapa. Mereka adalah Pastor Azarius de Kok, OFM., Pastor Paschalis Heitkonig, OFM., Pastor Michael Lunter, OFM., Pastor Victorius Beekman, OFM., dan Pastor Floribertus Schneider, OFM. Kedatangan mereka diterima dengan gembira oleh Uskup Batavia, Mgr. A. P. F. van Velzen, S.J. Kepada mereka diserahkan paroki tertua kedua dan ketiga, yaitu Paroki Matraman dan Paroki Kramat. Selain itu, juga sejak saat itu panti asuhan Vinsentius diserahkan kepada Tarekat Fransiskan. Pastor Paschalis Heitkonig menjadi direktur Panti Asuhan Vinsentius.
Kemudian Pater Victorius Beekman, OFM. Diangkat menjadi pastor kepala dan dibantu oleh Pater Azarius de Kock, OFM. pada 26 Desember 1929. Beliau bertugas sampai dengan 1934. Selama masa tugasnya sebagai pastor kepala, jumlah orang yang dipermandikan menunjukkan angka yang meningkat. Pada tahun pertama sebanyak 102 orang diikuti 100, 153, dan 184 orang pada tahun-tahun selanjutnya dan 134 orang pada akhir tahun masa baktinya pada 1934.
Pastor Victorius Beeckman OFM diganti oleh Pastor Laurensius Teepe OFM. Beliau bertugas mulai 1935 sampai 1939. Selama menjadi pastor kepala paroki, beliau juga menjabat direktur panti asuhan tersebut. Dalam masa jabatannya, selama lima tahun, jumlah orang yang dipermandikan sebanyak 608 orang. Sementara itu, jumlah pasangan yang menikah sebanyak 85 pasangan. Beliau diganti oleh Pastor Köhler OFM sebagai Pastor Kepala Paroki Kramat, yang menjabat sejak 1940 sampai 1945. Beliau dibantu oleh Pastor Vermeulen OFM dari 1940 sampai 1941. Tahun-tahun selanjutnya sampai akhir masa jabatan pastor kepala tidak diketahui pastor kapelannya. Setelah selesai menjabat pastor kepala beliau menjadi pastor kapelan paroki ini pada 1946 sampai 1950. Ketika itu terjadi perang dunia kedua dan Jepang mengalahkan Belanda di Indonesia. Kempetai Jepang
menggunakan sakristi Gereja Kramat sebagai kamar penyiksaan. Sementara gedung panti digunakan oleh para romusha yang menunggu giliran untuk dikirim ke medan laga. Selama
masa tersebut Gereja Kramat ditutup. Setelah Jepang menyerah kepada sekutu, gereja ini dibuka lagi.
Pada 1946 Pastor Nicolaas Geise OFM diangkat menjadi Pastor Kepala Paroki Kramat. Masa jabatannya sampai 1947. Ketika itu beliau juga merangkap sebagai Superior Tarekat Fransiskan. Beliau dibantu oleh Pastor Kohler OFM dan Pastor R. Koesnen
OFM dari 1946 sampai 1948.
Pastor Nicolaas Geise OFM digantikan oleh Pastor Adam van der Veldt OFM, sebagai Pastor Kepala Paroki Kramat dari 1947 sampai 1952. Beliau dibantu oleh Pastor Kohler OFM, Pastor G. G. Pruim OFM yang bertugas dari 1948 sampai 1956, Pastor J. Demmers OFM, yang bertugas dari 1949 sampai 1950, dan Pastor Vulco Vugts OFM, yang mulai bertugas pada 1950 sampai 1953.
Pastor kepala berikutnya adalah pastor yang datang dari Tiongkok pada 1949 yaitu Pater J. Fortuin OFM. Tugasnya dimulai dari 1953 sampai 1959. Beliau dibantu oleh Pastor J.G.M. Pruim OFM sampai dengan 1956 dan Pastor Remmen OFM, yang bertugas mulai dari 1954 sampai 1956 serta Pastor Frans van Genuchten OFM dengan masa tugas mulai dari 1955 sampai 1960.
Selanjutnya beliau digantikan oleh Pastor kapelanya J.G.M. Pruim OFM. Beliau datang pada 1946 sebagai pastor tentara. Masa tugasnya dimulai pada 1960 sampai dengan 1964. Beliau dibantu oleh Pastor Peperzak OFM dengan masa tugas dari 1960 sampai 1961 dan Pastor A. Marianni OFM, yang bertugas mulai 1963 sampai 1969.
Selanjutnya jabatan ini diserahkan kepada Pastor R. Wahjosudibjo OFM. Beliau memimpin Paroki Kramat mulai dari 1965 sampai 1968. Beliau dibantu oleh Pastor A. Marianni OFM
dan Pastor Arnold Yacobs OFM yang bertugas dari 1968 sampai 1969.
Tampuk pimpinan Paroki Kramat diserahkan kepada Pastor
Aleks Lanur OFM. Beliau bertugas mulai 1968 sampai 1970. Beliau dibantu oleh, selain dua pastor kapelan sebelumnya, juga oleh Pastor Sutoyo W. OFM yang bertugas mulai dari 1969.
Pimpinan Paroki Kramat diserahkan kepada Pastor Basilides van den Berg OFM mulai 1971 sampai 1982. Beliau dibantu oleh Pastor Leo Decksen OFM dan Pastor Cornelis Kerans OFM, yang bertugas mulai 1974. Selain itu, beliau pun dibantu oleh Pastor Ben Tentua OFM, yang bertugas mulai dari 1979 sampai 1980 dan Pastor A. B. Saji OFM, yang bertugas mulai 1980 sampai 1986.
Setelah Pastor van den Berg OFM, pimpinan paroki diserahkan kembali kepada Pastor R. Wahjosudibjo OFM. Masa jabatannya yang kedua di paroki ini berlangsung dari 1982
sampai 1984. Beliau dibantu oleh Pastor A. B. Saji OFM.
Pada 1985 Paroki Kramat dipimpin oleh Pastor Ferdinand S. OFM. mulai dari 1985 sampai 1989. Setelah Pastor A. B. Saji OFM sebagai pastor kapelannya ditugaskan ke tempat lain, beliau dibantu oleh Pastor Yosef Tote Paleba OFM, yang bertugas mulai 1987 sampai 1993.
Pastor Ferdinand S. OFM digantikan oleh Pastor Urbanus Kopong Ratu OFM, yang bertugas mulai 1989 sampai 1993. Pastor Kepala paroki ini dibantu oleh Pastor Yosef Tote Paleba,
yang telah menjadi pastor kapelan Pastor Kepala sebelumnya.
Setelah itu, jabatan pastor kepala paroki ini diserahkan kepada Pastor Vincent Kwek OFM untuk masa tugas dari 1993 sampai 1994, kemudian digantikan oleh Pastor Yan Ladju OFM. Pastor Yan Ladju bertugas mulai 1995 sampai 1996 dibantu oleh Pastor Vincent Kwek OFM sebagai pastor kapelan Paroki Kramat sampai 1996.
Ketika beliau bertugas, mulailah diatur administrasi tentang organisasi paroki, meski masih mencari bentuknya . Upaya dan usaha ini rupanya sangat penting untuk kelancaran tugas parokial. Umat tidak hanya mulai dilibatkan tetapi menjadi bagian dalam urusan paroki.
Pada 1996 Paroki Kramat dipimpin lagi oleh Pastor Urbanus Kopong Ratu OFM. Karena pada saat itu beliau juga merangkap sebagai pimpinan panti asuhan maka, rumah paroki
dipindahkan ke gedung Vincentius demi efisiensi pekerjaan. Masa jabatannya yang kedua berakhir pada 1999. Beliau dibantu oleh Pastor Anton S. Manurung OFM, yang mulai bertugas pada 1996 sampai 2001. Dalam pesan-pesan saat serah terima jabatan pastor kepala (tercatat di Arsip Paroki), Pastor Urbanus Kopong Ratu OFM menyampaikan tiga poin penting, yakni:
(1) pusat paroki bukan satu-satunya tempat layanan bagi semua
aktivitas umat dalam membina hidup menggereja, melainkan lingkungan dan wilayah hendaknya menjadi basis, seperti citacita sinode KAJ;
(2) hendaknya mulai dipikirkan untuk merumuskan ART Paroki Hati Kudus Kramat; dan (3) Perlu dipikirkan
untuk mengadakan tenaga prodiakon/diakon awam.
Pada tahun 1999 sampai 2002 pastor kepala paroki ini dijabat oleh Pastor Marcel Onggol OFM. Ketika menjabat, beliau mulai melanjutkan pengadministrasian organisasi paroki dengan komputer.
Pada tahun 2002 Pastor Marcel Onggol OFM diganti oleh Pastor Vitalis Nonggur OFM. Sebagai Pastor Kepala Paroki Kramat yang bertugas mulai 2002 sampai 2004 beliau dibantu oleh Pastor Laurens Tueng, yang menjalankan tugasnya mulai 2002 sampai 2004 dan Pastor Bernardinus Sadji OFM yang sejak awal 2003 bertugas sebagai pastor rumah sakit. Hal yang patut dicatat dalam kepemimpinan pastor kepala ini ialah mulai disusun Anggaran Rumah Tangga Paroki Hati Kudus Kramat. Draft ART tersebut telah selesai pada 1 Januari 2004. Dengan demikian, semua kegiatan pastoral mulai terarah dengan mengikuti pedoman yang tercantum dalam ART tersebut.
Pada 2004 pimpinan paroki diserahkan kepada Pastor Laurens Tueng. Beliau dibantu oleh Pastor Nicolaus Surata Dhartasuratna OFM yang mulai bertugas pada 2005 dan Pastor Antonius Nugroho Bimo Prakosa yang bertugas dari tahun 2010 sampai 2012.
Pastor Laurens mengakhiri tugasnya pada tahun 2011 dan di gantikan oleh Pastor Nicolaus Surata Dhartasuratna OFM sebagai pastor kepala sejak 2012 hingga 2014. Beliau dibantu
oleh Pastor Andreas Saturninus Ndaus OFM yang bertugas sejak 2012 dan Pastor Alexander Sugijarto OFM.
Pada tahun 2014 jabatan pastor paroki diserahkan kepada Pastor Yustinus Agung Setiadi OFM, dalam menjalankan Reksa Pastoral beliau dibantu oleh Pastor Andreas Saturninus Ndaus OFM sebagai pastor rekan, Pastor Markus Gunadi OFM yang bertugas untuk pelayanan rohani di rumah sakit Sint Carolus, Pastor Alexander Sugijarto OFM yang bertugas untuk pelayanan rohani di rumah sakit PGI Cikini dan lainnya, serta Pastor
A.B. Sadji OFM yang menjalani masa pensiunnya di pastoran paroki.
Selama masa pastor kepala dari Tarekat Fransiskan (1929 sampai sekarang) telah diterimakan Sakramen Krisma sebanyak 41 kali. Selain itu, mulai digiatkan devosi kepada St. Antonius dan mulai meningkat pada 1936. Di paroki ini setiap Selasa diadakan Salve dengan renungan dan doa untuk menghormati St. Antonius, meskipun pada masa awal tidak terlalu banyak dihadiri oleh umat. Setelah perang dunia kedua, pada 1950 Pastor Brouwer mempergiat devosi kepada St. Antonius dengan berkhotbah pada sembilan Selasa berturut-turut. Kegiatan ini membawa hasil pada beberapa tahun kemudian. Pada tahun-tahun berikutnya untuk menampung semua umat yang dating mengikuti devosi kepada St. Antonius diadakan misa sampai tiga kali. Sampai dengan saat ini selalu diperlukan bantuan
polisi lalu lintas untuk mengatur umat yang datang dari berbagai penjuru Jakarta dan sekitarnya dalam rangka mengikuti novena St. Antonius.