Kiranya ada baiknya kita memandang kembali sejarah Paroki Kramat secara singkat dalam konteks Gereja Katolik di Jakarta. Sejak abad ke 16 ketika kapal kapal Portugis, Spanyol dan Belanda mulai bersandar di berbagai pelabuhan di bumi Nusantara, agama Katolik-pun mulai tumbuh kembali. Walaupun mengalami tekanan dan penderitaan, karena adanya larangan kegiatan keagamaan oleh Hindia Belanda, umat Katolik di Nusantara bertahan bahkan dan dengan berbagai upaya mempertahankan serta mewujudkan hidup beriman mereka.
Penderitaan dan tekanan itu berlangsung terus sampai pada awal abad ke-19 ketika hal utama yang dinantikan yaitu kebebasan melakukan ibadat agama diumumkan oleh Daendels, Gubernur Jendral Hindia Belanda tepatnya di tahun 1808. Setahun sebelumnya yaitu pada 8 Mei 1807, dengan persetujuan Raja Louis Napoleon, Vatikan mendirikan Prefektur Apostolik Batavia agar dapat mengatur kegiatan pastoral di seluruh wilayah Hindia Belanda. Seperti diketahui, pada masa itu banyak umat katolik berada dan tersebar, selain di Batavia dan Pulau Jawa, juga di Pulau Flores, Pulau Timor, Kepulauan Maluku, dan daerah-daerah di Sulawesi dan Sumatra.